Логические блоки, написанные на этих языках, располагают и соединяют дорожками на кристалле и затем, с помощью специального софта, получают
GDSII и фотомаски.
Подробнее можно почитать по этим ссылкам:
Я не специалист по теме, так что не смогу ответить на уточняющие вопросы. Просто обращаю внимание, что создание фотошаблонов сродни компиляции программ: отдельные транзисторы никто на кристалл не расставляет.