В основном - перебором. Особенно если мы говорим о таких давно известных процессах, как изомеризация алканов, которые были разработаны в те времена, когда квантовохимических расчётов ещё не бывало. Сегодня перебор чуть более разумный за счёт того, что известно, какие классы соединений часто бывают хорошими катализаторами (например, AlCl3 - типичная кислота Льюиса).