Возможно, была подана уточненная декларация, либо ранее было направлено иное заявление на зачет этого излишне уплаченного налога, который и был произведен. Необходимо провести сверку расчетов с ИФНС, выяснить, куда произвели зачет излишне уплаченного налога.
При необходимости Вы можете обжаловать решение ИФНС. Допустимый срок обжалования – 1 год со дня принятия решения об отказе.
Жалоба на решение налоговой инспекции должна быть подана в вышестоящий налоговый орган через ту налоговую инспекцию, чье решение обжалуется. Налоговая инспекция, получив жалобу, должна будет передать ее в вышестоящий налоговый орган в течение 3 рабочих дней со дня поступления такой жалобы (п. 1, 2 ст. 138, п. 1 ст. 139 НК РФ).
Если по жалобе не будет вовремя принято решение вышестоящей налоговой инспекцией или организация не согласится с вынесенным решением, для дальнейшего обжалования стоит обращаться в суд (п. 2 ст. 138 НК РФ). Хотя НК РФ предусматривает, что решение вышестоящего налогового органа может быть еще обжаловано в ФНС в трехмесячный срок со дня принятия такого решения (п. 2 ст. 139 НК РФ).