РНК-геном ретровируса структурно отличается от ДНК-генома провирусной вставки расположением некоторых участков. По сравнению с двуцепочечной ДНК провируса, одноцепочечный РНК-геном ретровируса короче: слева (на 5' конце РНК) отсутствует участок U3, справа (на 3' конце РНК) отсутствует участок U5. После проникновения ретровируса в клетку вирусная обратная транскриптаза так выстраивает двуцепочечную ДНК на матрице вирусной РНК, что за несколько шагов получается полноразмерная провирусная двуцепочечная ДНК, где центральные последовательности провируса фланкированы длинными концевыми повторами (LTR), которые идентичны в прямом направлении и представляют собой совокупность участков U3RU5 (или U5RU3 по обратной цепи ДНК) c одного и с другого конца дцДНК. В LTR располагаются регуляторные последовательности и промотор. Идентичных LTR изначально нет в РНК-геноме ретровируса.
(См. здесь)
Такая схема хранения генетической информации ретровируса в РНК и её модернизация при создании ДНК вызвана тем, что после интеграции провируса в ДНК хозяина, вирусные гены, как и полноразмерная РНК, которая упакуется в капсид, используют для транскрипции клеточную РНК-полимеразу II (самую распространённую, поэтому вирусу это выгодно). Но РНК-полимераза II начинает синтез РНК на несколько нуклеотидов правее промотора (т.е. ближе к 3' концу транскрипта), так что головной промотор не входит в полноразмерный РНК-транскрипт (фактически не входит в геном) ретровируса, а без промотора экспрессия вирусных генов невозможна. Поэтому чтобы не потерять важную (в начале вирусной вставки) информацию ретровирус хранит её (участок U3, в котором промотор) в "хвосте" РНК, а при заражении хозяйской клетки и создании провирусной дцДНК на матрице РНК копирует хитрым образом U3 со своего "хвоста" в свою "голову", а участок U5, в силу особенностей создания провирусной ДНК оказывается скопирован с "головы" в "хвост".
1 эксперт согласен