МРТ основана на измерении электромагнитного отклика (ориентации) атомных ядер, находящихся в сильном постоянном магнитном поле, в ответ на возбуждение их определённым сочетанием электромагнитных волн. В МРТ такими ядрами являются ядра атомов водорода (протоны), присутствующие в огромном количестве в человеческом теле в составе воды и других веществ.
ТМС - метод, позволяющий неинвазивно стимулировать кору (ингибиторные нейроны) головного мозга при помощи коротких магнитных импульсов и индукции. Она может использоваться для экспериментального лечения депрессии, болезни Паркинсона, эпилепсии, слуховых галлюцинаций при шизофрении, обсессивно-компульсивного расстройства, амиотрофического латерального склероза, восстановления после травмы спинного мозга, для реабилитации после инсульта и тд.
МРТ не воздействует на структуру веществ, а ТМС напрямую стимулирует нейроны.