Что означают цифры аллелей в ДНК профиле?

Вы, наверное, имели в виду локус, а не аллель? Это что-то вроде его ID.

Для аллели цифра ставится в случае наличия множественного аллелизма (т. е. наличия в популяции более двух аллелей гена). Аллели - разные формы одного и того же гена. Пример - группы крови.