Из-за своей доступности у домашних животных чаще всего используются те же противомикробные препараты, что и у человека, что увеличивает вероятность развития МАР, и возникает необходимость исследовать альтернативы антибиотикам — бактериофаги.
Основные отличия действия фагов и антибиотиков на патогенные бактерии.
Фаги способны размножаться в очаге инфекции, в отличие от антибиотиков. Фаги могут эволюционировать вместе с бактериями, в то время как антибиотики являются статичными структурами. Фаги очень специфичны для своих мишеней, в то время как антибиотики обладают широким спектром действия.
Фаготерапия была предложена для лечения заболеваний собак, вызванных метициллинрезистентным штаммом Staphylococcus pseudointermedius, таких как инфекции мочевыводящих путей, наружный отит, пиодермальные инфекции, респираторные инфекции и инфекции половых путей. Существуют фаги, полезные при лечении инфекций мочевыводящих путей у собак и кошек, вызванных уропатогенной кишечной палочкой.
Фаговая терапия также зарекомендовала себя при лечении болезней лошадей. Кератит, вызванный бактериями P. aeruginosa, приводит к повреждению роговицы, к слепоте. В научных исследованиях коктейль с фагами Myoviridae и Podoviridae продемонстрировал возможность излечения кератита лошадей.
Экзотические домашние животные (например, рептилии) являются переносчиками сальмонелл, устойчивых к антибиотикам. Лечение их фагами Felix O1 (перорально) дало положительные результаты.