Вопрос путаный, поэтому попробуем сформулировать его так, чтобы можно было ответить.
Итак, в августе 2000-го года Архиерейским Собором был принят документ
"Основы социальной концепции Русской Православной Церкви", в котором сказано, что в исключительных случаях Церковь может обратиться к своим членам с призывом к неповиновению гражданской власти. Не противоречит ли это Библии, в частности - словам о том, что "нет власти не от Бога" (Рим. 13:1)?
Теперь ответ.
Для того чтобы утверждать, что нечто противоречит Библии, - необходимо выяснить, что́ говорит сама Библия. В данном случае - апостол Павел (поскольку использована цитата из его послания).
Строго-буквальное понимание этих слов (вроде инструкции по замене батарейки) - как призыв подчиняться любому требованию любой власти - явно противоречит жизни и смерти самого апостола, который пострадал от рук власти и, в конце концов, был ею казнён (так же, кстати, как и апостол Пётр, и почти все апостолы).
А в 2000-м году Русской Церковью была озвучена именно библейская позиция, всегда жившая в Церкви и идущая от апостолов и Самого Основателя. Подробности см. в упомянутом документе, раздел III "Церковь и государство".