Почему атеистам представляется, что верующие познают мир через религию, презрев науки?

Корректнее было бы, наверное, спросить, почему так кажется некоторым атеистам, поскольку это мнение разделяют далеко не все атеисты. Хорошо известно, что многие учёные являются верующими людьми (особенно это распространено среди математиков), и научной практике личная вера людей, как правило, не мешает.

Другое дело, если речь идёт о религиозных фанатиках. Но судить по фанатикам о верующих - точно такая же ошибка, как судить об атеистах по богоборцам.

Возвращаясь к Вашему вопросу в исправленной формулировке, могу лишь предположить, что быть учёным (заниматься конкретным направлением отдельной науки) - вовсе не означает понимать всё и обо всём, хотя такая иллюзия у некоторых слишком узко мыслящих людей возникает, и не так важно, что они могут при этом быть учёными.

От себя лично (как атеиста) могу сказать, что отсутствие веры в бога совсем не мешает понимать и уважать людей, у которых эта вера есть. В конце концов, людям нужно на что-то опираться, принимая непростые решения. Даже Бертран Рассел говорил, что если бы он оказался с Пятницей на необитаемом острове вдвоём, он бы предпочёл, чтобы Пятница был верующим.