Нужно ли оформлять мед через систему Меркурий?

В каком случае точно не нужно: Если вы держите пчел и собираете мед для себя, то никакие документы оформлять не нужно.

50/50: Если вы владеете пасекой, собираете мед в основном для себя и семьи, но часть продукта продаете нескольким знакомым.

Это такая же ситуация, как и с любым другим видом предпринимательской деятельности (например, продажа излишек картошки, яблок друзьям),  - без регистрации и уплаты налогов она считается незаконной, но ввиду небольших масштабов вами вряд ли заинтересуются соответствующие органы.

Тем не менее напомню требования к личным подсобным хозяйствам, при соблюдении которых продажа "даров" огорода не будет облагаться налогами, в соответствии с ФЗ "О личном подсобном хозяйстве":

В каком случае точно нужно: подавать заявку на регистрацию в «Меркурии» обязаны владельцы пасек, которые планируют периодически вывозить мед на ярмарку, рынок для продажи. Без оформления ВСД (сопроводительных документов) в цифровом формате любые манипуляции с мёдом и другими продуктами пчеловодства приобретают статус «незаконных», что грозит наказанием от государства.