Чтобы сделать вычет каждому собственнику, нужно продать каждому свою долю по отдельному договору.
Тогда каждый делает вычет по 1 млн.
Если продажа по одному договору , то вычет 1 млн делится между собственниками по формуле : 1 млн х доля
в вашем случае, каждый может уменьшить доход от продажи на 500т.р.
Еще вариант уменьшения, на сумму расходов на покупку этой проданной квартиры