Во-первых, у данного вида ручек разный состав чернил и механизм их подачи. У гелевых чернила - это смесь масла и воды, они густые и более устойчивы к выцветанию. Пишут такие ручки очень мягко, не требуют особого нажима.
В капиллярных же ручках используется волокнистый материал (тампон, пропитанный чернилами на водной основе), который вставлен в металлическую трубку. Пишет ручка тонко,т.к. чернила сами по себе жидкие.
Во-вторых, гелевые ручки имеют разнообразные заменяемые стержни,в то время как капиллярные ручки можно назвать одноразовыми.
В-третьих, гелевые ручки используют для различных ответственных мероприятий, как например, егэ или подписание различных документов. А капиллярные больше подходят для рисования и черчения.