Необходимо предусмотреть откачку воды из котлована примерно по такому принципу:
Т.е. предусмотреть траншею с уклоном, по которой к насосу будет течь вода.
Конкретное решение лучше принимать по месту с учётом всех особенностей местности.
PS
с учётом того, что проектными решениями не были учтены затраты на отвод воды и увеличение объема котлована, стоит запросить дополнительное финансирование у заказчика.