Да, эти слова всегда писались слитно.
Но произошли они от слов, которые писались раздельно :)
Это можно проследить из этимологии.
"Сегодня" можно разделить на два слова — "сего" и "дня", то есть "в этот день" (он же "нынешний"). Изначально это слово и происходило от старорусского (если не ошибаюсь) "сей день".
Что касается "сейчас", то тоже разделяем на два слова — "сей" и "час".
Вот он, великий и могучий во всей красе!