Алексей, добрый день.
Да, на некоторых моделях android нарушается "контакт" смартфона с терминалом оплаты из-за чехла. Буквально сегодня коллега чуть без печенек не остался! Без чехла всё прошло прекрасно. =)
Обычно создают чехлы с объемной задней крышкой или из плотного материала - это создает дополнительное расстояние между NFC-модулем и терминалом, что делает считывание информации невозможным.