Основа векторной вакцины - безвредный вирус (в общем случае - вирус какой-нибудь малоопасной болезни, который дополнительно лишен возможности размножаться), в ДНК которого добавлен участок, кодирующий белок, характерный для вируса той болезни, от которой создаётся вакцина. Вирус-вектор проникает в ваши клетки, запускает там синтез белка, ваша иммунная система начинает синтезировать антитела к этому белку.
РНК-вакцины содержат готовую матричную РНК, соответствующую тому же самому белку. Молекула мРНК запаковывается в липидную оболочку, позволяющую ей проходить сквозь клеточные мембраны. Попав в вашу клетку, мРНК опять же запускает синтез белка, который в свою очередь запускает иммунный ответ.
То есть в первом случае генетическая информация, необходимая для синтеза белка, доставляется в клетку готовым вирусом с готовыми системами проникновения, но при этом приходится запускать в клетку и другие гены вируса. Во втором случае кроме мРНК конкретного белка в вакцине нет вообще ничего, но попадание или непопадание этого гена в вашу клетку до некоторой степени определяется удачей (хотя при достаточно большой концентрации липидных частиц сколько-нибудь да попадёт).