В анкете на про-визу Кипра нужно выбрать консульство одного из городов.Вопрос: какой город выбрать,если я полечу из Сочи,но родом я из мск

Выбирайте московское. Пограничникам совершенно неважно на самом деле, откуда вы вылетаете, лишь бы это был прямой рейс из РФ без пересадки. Подробнее про оформление про-визы с примером здесь -https://nashaplaneta.net/europe/cyprus/visa-kipr