Нет , программы на HDD останутся на месте . Так как вы установите на диск "D" то у вас будут две самостоятельные ОСи . И можно будет в последующем загружаться с любой из них.
т.е нужно будет просто инициализировать Hdd(С) в системе после установки винды и всё будет на месте ?