В принципе, сюжет обоих сериалов примерно совпадает до 34 серии "Алхимика" и 14 серии "Братства". Но небольшие отличия начинаются практически с самого начала. По-разному показаны неудачные результаты трансмутации матери, по-разному проходит экзамен на государственного алхимика, по-другому вводится Шу Такер. Кроме того, в сериале 2003 года есть ряд эпизодов, которые довольно важны для раскрытия некоторых персонажей, но отсутствуют в сериале 2009 года. В основном это касается серий 5, 8 и 9. В серии 5 довольно ярко введён Маэс Хьюз, в 8 серии Барри-мясник, а в 9 серии Йокки.