Срок минимального владения квартирой не истек. Поэтому при продаже такого объекта недвижимости возникает обязанность рассчитывать налог и подавать декларацию.
Первое. Нужно определиться с доходами Для этого сравниваем стоимость продажи с кадастровой стоимостью объекта, скорректированной на коэффициент 0,7. Если сумма по договору будет ниже, то доходами будет считаться именно кадастровая стоимость объекта*0,7. Вы в вопросе точно не указали кадастровую стоимость, но предположу, что она немного выше, чем 1 млн. руб. Поэтому стоимость по договору (900 тыс. руб.) будет больше и, соответственно, являться доходом. Если кадастровая стоимость все же значительно выше 1 млн. руб., то сделайте дополнительно расчеты по схеме, описанной выше.
Второе. Доходы можно уменьшить на:
Нужно отметить, что данные вычеты могут применяться только налоговыми резидентами РФ. Способ уменьшения доходов можно выбрать любой, тот, который Вам наиболее выгоден либо удобен. Если Вы продадите квартиру за 900 тыс. руб. (и у Вас не случится в этом же году продажи другого имущества, по которому Вы уже используете вычет 1 млн. руб.), то проще воспользоваться этим вариантом (не нужно заморачиваться с подтверждающими документами).
Считаем налог следующим образом:
Доходы (900 тыс. руб.) - вычет (1 млн. руб.) = 0 (налог к уплате отсутствует)
Обращаю Ваше внимание на тот факт, что даже если налог к уплате будет отсутствовать, декларацию в Вашем случае подавать НУЖНО. Декларация подается в налоговую не позднее 30 апреля года, следующего за годом продажи квартиры.
Также подробно о расчете налога при продаже квартиры (с примерами) писала здесь