Такое может происходить при работе на версиях Paint Tool SAI, которые не адаптированы под Windows 10, попробуйте полностью удалить программу, сохранив нужные проекты и ваши настройки, после чего поставить чистую PaintTool SAI 2.0, вторая версия совместима с 10 виндой и не должна создавать подобных проблем.
такой версии ещё нет, что очень жаль