Смотря что Вы имеете в виду. если это гражданско-правовые договоры, то туда и не нужна была трудовая. все начисления с него идут, вычет сделать можно
если речь об электронной трудовой, то разницы с бумажной нет никакой, появилась в прошлом году. все данные работодатель о вас передает электронно.