При регистрации в качестве самозанятой, вы поставили приложение.
В нем вы фиксируете поступление платежей от клиентов, что приходят вам на карту, в тот же день, (лучше сразу) когда вам пришли средства. Чеки в ФНС сформированные в приложении отправляются автоматически.
После приложение самостоятельно рассчитает сумму налога за период к уплате.
В приложении вам необходимо привязать банковскую карту, чтобы при исчислении налога, вы могли нажать кнопку оплатить, и с банковской карты спишется платеж.