В зависимости от модели, а точнее от операционной системы телефона могут быть и разные проблемы. В другом ответе вам уже дали возможные три варианта. Я просто дополню:
4) Вирус - вирусная программа добилась полного доступа к системе и теперь творит что хочет (обычно это андроид телефоны со старой системой). Тут есть два варианта - пытаться вылечить вирус (часто для его лечения нужны рут-права) или перепрошить телефон (сброс к заводским не всегда помогает).
5) Опять же для Android - система защиты Google решила что програмки ваши вирусные и вам решила сама помочь и их удалить. Правда это не объясняет удаление контактов.
6) По пропаже контактов - может быть банальность - часть ваших контактов записаны на сим карту, часть в телефоне, часть в аккаунте, а вы случайно включили в настройках отображать только один из этих списков.
7) И из совсем экзотического, но такое тоже бывает - проблема с памятью телефона. Возможно часть ячеек памяти, где хранились эти данные, повреждена, и телефон не может отобразить вам эту информацию.
8) Еще могла произойти синхронизация и восстановление более старых данных, там где ни программ, ни новых контактов еще не было.