Привет. Вопрос не совсем понятен и таки прикладные вопросы лучше задавать на канале или в сообществах WPlovers.
Если вставтиь JetMenu виджетом, то оно прозрачное по умолчанию. Настройки фона самого виджета как обычно производятся на вкладке Стиль. Также, то будет прозрачный фон или нет зависит от фона секции и колонки в которую оно помещено.
Дальше нужно смотреть на твою ситуацию. Если покажешь скринготы и расскажешь что делал чтобы меню стало прозрачным будет проще помочь.