Вероятно по той причине, что японская иена 円 каким-то образом произошла от китайского юаня. В Китае японскую иену так и называют "японский юань". Я так понимаю, что в Китае "юань" пишется так: 元 (юань), а "японская иена"... Читать далее
Беспокоит, поэтому в последнее время юань обозначают символом Ұ. Но вообще название японской и корейской валют происходит от одного и того же символа (圓), поэтому и обозначение получилось изначально одинаковым.