Почему некоторые точки организаций видны на Я.Карте сразу, а некоторые только при нажатии на здание (или при очень близком приближении)?

Все зависит от того заказана ли реклама у яндекса. При максимальном приближении видны все кто зарегистрировал свои организации на карте, при отдолении же только те, кто платит яндексу, либо купил их подписку.