Так в анатомии действует закон кратчайшего расстояния. Внутренней на шее и лице делать нечего, поэтому она идет прямиком в foramen magnum, а вот наружная дает ветви и на шее, и на лице, поэтому ей надо лежать близко к кровоснабжаемым местам.
Думаю, в любом случае, пытаться искать логику в анатомии нет. Такие вещи нужно учить.