Ответ священника был бы примерно таким: потому что вид церкви напоминает людям о величии Бога и это ощущение вызывает у человека потребность перекреститься.
Мне же кажется, что это просто привычка с детства или нечто вроде мини-молитвы.
Люди, проезжая мимо храма - дома Божьего, крестятся на купола, потому что любят Его и таким образом говорят: "Прости меня, Господи, что я иду не к Тебе, а еду мимо, опять мимо..."