Потому что это два абсолютно разных инструмента, хоть и с похожим принципом работы. В одном произведении баян и аккордеон могут играть разные партии, естетсвенно и ноты для каждого из них писаться будут отдельно.
По той же причине, по которой отдельно пишутся ноты для срипки и контрабаса, или для фортепьяно и органа. У баяна обе клавиатуры кнопочные, а у аккордеона клавиатура мелодии сделана по фортепьянному типу.