Здравствуйте! Я из Яндекса. Процесс удаления множества файлов может занять какое-то время. Когда вы отдаёте команду на очистку Корзины, не все файлы успевают переместиться в неё из основной части Диска, и появляется сообщение об ошибке. В таком случае нужно подождать, пока предыдущее действие будет выполнено.
Наши разработчики уже трудятся над оптимизацией Яндекс Диска, что также позволит ускорить работу с файлами и папками на нём.
Что касается дубликатов — пожалуйста, напишите нам на почту disk@support.yandex.ru и подскажите ваш логин. Постараемся разобраться в ситуации и помочь!