В соответствии с Указом Президента РФ от 15.05.2018 N 215 (ред. от 26.02.2019) "О структуре федеральных органов исполнительной власти" Президент осуществляет руководство определенных министерств и служб.
Здесь - ссылка, каких именно. http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_297953/7544efd355ffc8dd254aa19c6e546bb0a552c304/
Данные органы власти подотчетны президенту из - за своей специфики деятельности, которая связана с быстрым и оперативным принятием решений (оборона страны, внешняя политика, поддержание правопорядка в обществе). И это условие достигается тогда, когда во главе стоит единственный человек - то есть президент. Если начнут собирать министров коллегиально, то пройдет какое - то время и насущная проблема может только усугубиться (преступник успеет скрыться, площадь наводнения увеличится и тд). Проще гораздо, когда в этой области руководство осуществляется единолично, поскольку соответствующие меры управления и реагирования необходимо принимать своевременно, ибо может быть слишком высокая цена за промедление.
Правительству же подконтрольны другие федеральные службы, министерства и агенства. А правительство - коллегиальный орган.
Здесь - ссылки.
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_297953/f17cee2d2f2fa60880cf1a7e95b23882dcb7592e/
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_297953/ca84ecbcaab340b527ff98cb4673bbcfa904d7cb/
И опять же все зависит именно от специфики деятельности и характера регулируемых отношений (экономика, социальная политика, экология и тд). Да и они намного сложнее и обширнее, чтобы быть в ведении только лишь одного субъекта.
Итог - все зависит от характера общественных отношений и от того, когда и какие необходимые меры управления нужно принимать.