Патент не живет отдельно от основной системы налогообложения вашего ИП. Вероятно у вас УСН+патент на конкретный вид деятельности (или ОСНО+патент). Если данная услуга не относится к виду деятельности на патенте, то вы относите ее по тому режиму налогообложения, что у вас является основным- например, упрощенка. Если эта услуга в рамках вашего патента, то статус заказчика не имеет значения.