Может ли гражданин России, имеющий второе гражданство, например греческое, поступить в российский вуз, как иностранный гражданин?

Вообще-то при наличии второго гражданства, человек на территории страны, гражданином которой он является, рассматривается именно как гражданин этой страны, а не как иностранный гражданин. Например, если у вас есть российское и греческое гражданство, а вы находитесь на территории России, то на вас будут распространяться законы как на гражданина России, а не иностранного гражданина. Поэтому, если у вас, например, возникнут проблемы с местными властями, то греки не будут вмешиваться и предоставлять вам, например, убежище в своем посольстве, а Россия вас не выдаст грекам вне зависимости от вашего и их желания. На территории России - такой человек со вторым гражданством именно гражданин России. Точно также Россия не будет вмешивтаься в вашу судьбу пока вы находитесь на территории Греции - там действует греческое гражданство. А вот на территории любой другой страны вы можете пользоваться любым из ваших гражданств, но не на территории страны, гражданином которой вы являетесь - там все однозначно.

Поэтому теоретически вы, конечно, можете использовать при поступлении греческий паспорт и поступить в ВУЗ как иностранный гражданин, но если вскроется история с двойным гражданством, то у вас, скорее всего, возникнут проблемы, потому что на территории России при наличии российского гражданства вы должны представляться гражданином России.