Причин может быть несколько…
Возможно просто первичный инстинкт. Копание привычка, передаваемая на генетическом уровне.
Или дискомфорт. Проживающие в домашних условиях зверьки начинают типо копать яму, когда ощущают беспокойство. Тревога возникает тогда, когда кролик хочет поиграть, испытывает недостаток ласки.
Может просто от скуки скребёт.
Или стартует период полового созревания. В это время он не только может носиться с сеном (или еще с чем), скребсти пытаясь выкопать яму, но и стучит лапами по полу, может начать грызть прутья клетки и резко прыгать по сторонам.