Платите вы, способы обмена информацией указаны в Налоговом кодексе, у вас есть выбор системы взаимодействия с налоговым органом, электронно по ТКС, почта, лично. Если вопрос о каком-то споре, то все понесенные расходы при нем взыскиваются в судебном порядке (в том случае если вы выиграли спор).