Смотря какой контейнер. Обычно берут 0.5 литров. Но если больше, то они примено одинаковой высоты 1,5-2см. Глубокие брать не надо. Поэтому слой кокосового субстрата можно делать от 0.5 до 1 см.
А ещё, смотря какая микрозелень. Горох, например, с пшеницей можно без субстрата растить. Главное в начале прижать семена, чтобы корни сплелись. Так нужно делать со всеми культурами, но в других случаях для того, чтобы корни росли в субстрате.
Для маленьких семян по типу щавеля, брокколи, горчицы, редиски и базилика подойдёт слой 0.5 см, больше не нужно. Растут такие культуры 7-10 дней и недельку можно хранить в холодильнике. Поэтому большого запаса питательных веществ из субстрата на таких сроках им не нужно.