В типовых конфигурациях 1С нет такой функции, но можно доработать печатную форму счета, куда будет выводиться соответствующая запись или немного доработать процедуру отправки счета клиенту по емайл и вместе со счетом клиенту будет отправляться сразу акт сверки.
Если в вашей системе ведутся взаиморасчеты с контрагентами - значит можно вывести долг в счёт. Для этого нужно доработать механизм печати счета. Вам поможет любой программист 1с.