Могу посоветовать одно радикальное средство. Скажу сразу, на сапогах его не проверял. По крайней мере сам материал пострадать не должен. Итак, запах появляется благодаря жизнедеятельности бактерий, если их убить, то запах прекратится. Микробов почти мгновенно убивает нашатырный спирт. Попробуйте обильно смочить тряпочку в нашатырном спирте и поместить её в обувь (осторожно, резкий запах!), на несколько минут закрыв голенища сапог. Впоследствии, чтобы запах вновь не появился положите в сапоги пакетик с гранулами силикагеля.