Прежде всего, Михаил, вы неправы. В слове "пандемия" ударение в греческом языке падает на "и" - "пандемИя", так же, как и в слове "эпидемИя". И во "флюорографИя" и всех словах на "-графИя" тоже. В этом убедиться несложно: в современном греческом обычно ставят ударение.
Слово "эпидемия" в русском языке существует с 19 века, оно у Гоголя есть. Тогда вся медицина была на латыни, и очевидно, что это слово прошло через латынь, где ударение на третий слог с конца, если предпоследний краток. А "пандемия" проникает в 20 веке, когда латынь уже особой роли не играла, и ударение верное, греческое.