В современной авиации маршруты полетов прокладываются с использованием специальных маршрутных точек (waypoints) у которых как правило существуют фиксированные координаты. Каждой точке присвоен буквенно-цифровой индекс, который и вбивается в боротовой компьютер при составлении плана полета. План полета прорабатывается заранее и учитывает погодные условия по маршруту, запасные аэродромы, экономию топлива и т.д. Подробнее об этом можно почитать в блогах у пилотов гражданской авиации, например здесь: http://denokan.livejournal.com/127698.html