Например "я". Большие или маленькие - не важно, но должны остаться такими же.
Яблоко яма умываться -> (Я)блоко (я)ма умываться
() - цвет
Ну если это надо сделать программно, то можно, например, перебирать весь текст посимвольно, и если буква совпадает с нужной, то окрашивать в нужный цвет. Как именно - это зависит от языка программирования, от среды разработки и т.п.