Как или откуда, при переводе денег из одного банка в другой (онлайн методом, допустим),тот банк, куда переводятся средства, берет их?

Никак.

Банковские переводы - это просто записи в бух учёте банков, кто из них сколько кому должен.

Например, я клиент банка А перевожу деньги на свой счёт в банке Б и снимаю наличными.

На самом деле

1. банк А списывает с моего счета деньги,

2. потом просит центробанк списать деньги с корсчета банка А на корсчёт

банка Б (у всех банков есть счета в Центробанке)

3. потом банк Б должен заказать у ЦБ наличные для меня

А корсчета в ЦБ и наличка - это просто долги центробанка