Просто внимательно играть. В этом нет ничего сложного с минимальной практикой, начинаешь бить с 4-5 струны, и возвращаешь (если есть возврат) до той же 4-5. Если заденешь лишнюю - ничего шибко страшного произойти не должно, звучание не испортится, но больше практикуя, повышаешь точность.
Конкретно с Dm можно глушить басовые струны большим пальцем. Но лучше просто стараться не задевать 5 и 6 струну, со временем привыкните. А если случайно и задели, то в этом нет ничего критического.