Для этой цели можно нанять специальные службы, которые выводят насекомых. Конечно, кармические последствия останутся, но не такие, если бы буддист выводил (убивал) насекомых собственноручно.
Так же еще зависит от того, какого пути развития буддист. Если традиции Тхеравада, то да - он будет всячески избегать убийства любого существа. Буддист традиции Ваджраяна понимает, что всё это - искусство возможного. Невозможно прожить жизнь, не убив ни одного существа, в человеческом теле это просто невозможно. Мы убиваем случайно убиваем насекомых и некоторых зверей, когда едем на машине и сбиваем их и с этим мы ничего поделать не можем. Если в нашем теле завелись паразиты, мы стараемся вывести их, то есть так же - убить.
А про историю, где Будда убил пирата - этот пират хотел убить купцов и завладеть их имуществом. Будда, как существо просветленное, видел это и понимал, что этот человек потом надолго засядет в адских мирах за этот проступок. Поэтому Будда убил его из-за сочувствия к нему же.