Испытывает ли тело то же сопротивление воздуха при беге, что и при ветре той же скорости?

Вы двигаетесь относительно воздуха или воздух двигается относительно Вас - разницы в среднем нет. Если придираться, то поза при беге отличается - бегун сильнее отклоняется вперед, поэтому давление воздуха на его тело распределяется иначе.