Я собственник квартиры, но в ней не живу,но прописана и проживает мама, она не платит за квартиру, с меня высчитывают через суд, что делать?

Платить. Собственник обязан нести бремя содержания принадлежащего ему имущества, участвовать в расходах на содержание общего имущества дома. Можете подаить иск в порядке регресса после оплаты / взыскания с Вас задолженности. Либо можете заключить соглашение, по которому фактически проживающий берет на себя обязательства по полной оплате всех платежей