Где бог(дух) взял сперму для оплодотворения девы Марии? Ведь у духов вещества нету.

А зачем? 

Бог всемогущ. А значит, элементарно может сконструировать из протонов, нейтронов и электронов все необходимые структуры, требуемые для формирования ДНК и оплодотворения яйцеклетки.