Естественно двигатель будет троить ВСЕГДА, цилиндр, где повреждён клапан, работать не будет. Рекомендую снять головку блока (или головки, если двигатель не рядный) и внимательно проинспектировать всё - просто так один клапан никогда не прогорит. Либо это не прогар, либо очень скоро эта же участь ожидает другие клапаны.