Для того, чтобы была возможность визуально выделить сообщение, на которое хочешь ответить, но как-нибудь позже.
Например (все имена и характеры вымышлены, совпадения случайны), вы с другом общаетесь, и он такой: "Верни сто рублей" - и дальше общаетесь. Так вы в очередной раз забудете, а с этой функцией можно отметить сообщение непрочитанным, а завтра на трезвую голову увидеть непрочитанное сообщение, и вернуть, наконец, долг.